Die meisten spätantiken und mittelalterlichen Enzyklopädien bedienen sich der Metapher des Baums des Wissens zur systematischen Disposition des Wissens; ein typisches Beispiel für die aristotelisch-ramistische Methode ist Theodor Zwingers Theatrum humanae vitae (1565; vgl. Ramismus).

Ein Vorläufer der visualisierten Baummetapher ist die Darstellung der Sieben Freie Künste, die beispielsweise in dem mittelalterlichen Hortus deliciarum der Herrad von Landsberg (um 1180) noch als Kreis dargestellt wird.

Die Encyclopédie ist die letzte bedeutende Enzyklopädie, die einen Stammbaum des Wissens nach Art Francis Bacons (vgl. Stammbaum der Wissenschaften) bietet, aber bereits an mehreren bedeutsamen Stellen von diesem abweicht; sie leitet damit einen "erkenntnistheoretischen Richtungswechsel [ein], der die Topographie allen menschlichen Wissens verwandelte" (Robert Darnton); das Système figuré des connoissances humaines bildet einen wichtigen Schlüssel zu dem Verständnis der inneren Logik der Encyclopédie.

Der Stammbaum des menschlichen Wissen zu Beginn von Band 1 der "Encyclopédie" (Des connoissances humaines. Entendement: Memoire, Raison, Imagination)

Das figürlich dargestellte System der Kenntnisse des Menschen (deutsche Übersetzung)

Ausschnitt aus dem Stammbaum des menschlichen Wissens, Prospekt der "Encyclopédie" (1750)

In der Neuzeit wurde das klassische Ordnungssystem fundamental hinterfragt; Wittgenstein bewies die Unmöglichkeit einer hierarchischen Klassifikation bestimmter Kategorien und führte als Alternative den Begriff der Familienähnlichkeit ein.

Auch der Philosoph Michel Foucault kritisiert in Die Ordnung der Dinge (1974) die Fragwürdigkeit jeglicher Kategoriensysteme, da sie einer Raum-Zeit-Gebundenheit unterliegen; er zeigt in seiner Archäologie des Wissens, dass jedes Kategoriensystem willkürlich wirkt, wenn es von einer Außenperspektive aus betrachtet wird (vgl. Taxonomie).

Weitere postmoderne Kritik äußerten Deleuze und Guattari, die als neue Wissensmetaphern das Rhizom, das Netz bzw. das Netzwerk einführten.

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